Иссыккульская областная объединенная больница обслуживает жителей Иссыккульской области. Амбулаторная медико-санитарная помощь оказывается Центром Семейной медицины.
Кроме этого в городе Каракол функционируют следующие медицинские учреждения:
• Станция неотложной медицинской помощи
• Областное территориальное управление ФОМС
• ЦСМ, 6 групп семейных врачей
• Центр здоровья
• ГорСЭС
• Стоматологическая поликлиника
• Областное общество Красного Полумесяца
• Противотуберкулезный диспансер
• Центр СПИДа
• Противочумное отделение
• Областное бюро судмедэкспертизы
• Хоспис
Обеспеченность врачами на 1000 населения – 5,5, обеспеченность койками на 1000 населения – 7,1
Показатель младенческой смертности – 42,9 %. План иммунизации детей до 1 года выполнен на 99,8%, от 1 до 7 лет – 99,9%.